Ziel des Förderprogrammes „Klinikpartnerschaften“ ist es, Partnerschaften mit medizinischen Einrichtungen in Ländern niedrigen und mittleren Einkommens aufzubauen. Das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung (BMZ) und die Else Kröner-Fresenius-Stiftung (EKFS) sind die Initiatoren des GIZ-Förderprogramms, das seit dem Jahr 2016 läuft. Die Umsetzung liegt bei der Deutschen Gesellschaft für Internationale Zusammenarbeit (GIZ) GmbH. Das GIZ-Team unterstützt die Klinikpartnerinnen und -partner durch Präsenz- und Onlineangebote sowie in der persönlichen Beratung.
Nicht gefördert werden können Klinikpartnerschaften in der Türkei und Afghanistan. Projekte mit Myanmar sind nur dann förderungswürdig, wenn sie unmittelbar der Bevölkerung zu Gute kommen; jeglicher Beitrag zur Legitimierung des Militärregimes muss ausgeschlossen sein. Klinikpartnerschaften mit China können nur gefördert werden, wenn sie als Dreieckskooperation in einem anderen Entwicklungsland umgesetzt werden.