Auch wenn die Partnerschaft sowohl in Bonn als auch in La Paz von den Kommunen getragen wird, müssen für gemeinsame Projekte und Aktivitäten weitere Finanzierungsquellen erschlossen werden. Die Stadt Bonn setzt dabei auf eine enge Verzahnung der Akteure und Projekte sowie auf eine Vielfalt an Förderquellen.
So wurden für ein Aufforstungsprojekt in La Paz beispielsweise Mittel der Außenhandelskammer, der Deutschen Botschaft sowie der Stadt Bonn eingesetzt. Das aktuelle Kooperationsprojekt wird, im Rahmen des Förderprogramms für kommunale Klimaschutz- und Klimaanpassungsprojekte(FKKP), durch die SKEW finanziert. Bei der Antragstellung konnte auf die Arbeit am Klimahandlungsprogramm aufgebaut werden.
Ein großes Gewicht bei der Umsetzung der Projektpartnerschaft liegt auch auf den Akteuren außerhalb der Kommunalverwaltung. So können gemeinnützige Träger beispielsweise noch einmal ganz andere Fördermittel und auch Spenden akquirieren als die Stadt selbst. Der Verein „Bonn - La Paz“ nutzt diese Möglichkeit unter anderem für die Durchführung von Bildungsarbeit und Workshops. Zudem können gemeinnützige Einrichtungen über den Projektefonds des Ausschusses für Internationales und Wissenschaft des Rates der Stadt Bonn Förderungen bis zu 3.500 Euro für konkrete Vorhaben beantragen.