Die Projekte der Städtepartnerschaft werden hauptsächlich von der Senatskanzlei, Engagement Global und in einem Fall auch über die Norddeutsche Stiftung für Umwelt und Entwicklung finanziert. Der Nicaragua Verein Hamburg finanziert ebenfalls Projekte mit NGOs in León vor allem aus Spenden. Für den Schüleraustausch und im Jugendbereich gibt es zahlreiche Programme, zum Beispiel von der Europäischen Union und von Engagement Global, die genutzt werden. Im Rahmen des Jugend-Programms der Europäischen Union gibt es die Möglichkeit, einen 'Europäischen Freiwilligendienst' (EFD) außerhalb Europas in einem Entwicklungsland zu absolvieren. Auch über das Austauschprogramm ASA-Kommunal von Engagement Global und dem BMZ konnten bereits Reisen realisiert werden.
Zudem können im Partnerland Aufnahmestellen für „weltwärts“-Freiwillige beantragt werden oder der Senior Experten Service wurde für Projekte beim südlichen Partner angefragt. Um weitere Maßnahmen im Partnerland zu finanzieren, nutzt Hamburg die bereits erwähnte Rest-Cent-Aktion, vor allem für Trink- und Abwasserprojekte. Zudem gehen beim Verkauf des Städtekaffees sieben Cent an den Nicaragua-Verein.
Wo es möglich ist, gehen die Hamburger auch den Weg des Sponsorings: So hat die Studentische Nicaragua-Initiative beispielsweise das Jugendfußballprojekt „GoooLeón“ ins Leben gerufen und dafür Geld- und Sachspenden des FC St. Pauli, seines Fanladens und kleinerer Berliner Fußballclubs auftreiben können. Die Kooperation mit St. Pauli schafft ein breites Medienecho. Zusätzlich finanzierte die Sepp-Herberger-Stiftung des Deutschen Fußball-Bundes eine Trainerstelle. Ein Förderbereich der Stiftung ist Auslandsentwicklungshilfe im Bereich Fußball.
